ポケモンHOMEのミラクルボックス交換にて、色違いスイクンがきたのですが

まず、このスイクンはVC版の個体です。初代や第２世代はバグが多く存在しておりその中に個体値が変更できるバグとポケモンがコピーできるバグがあります。
なのでバグを利用して個体値を変更した後にコピーバグを行うことで色違いのポケモンが量産できます。これを正規ととるか改造(バグ)産ととるかは人次第になってはきますが万人に受け入れられるものではありません。BDSPでも似たようなことがありかなり叩かれ、炎上していたのも記憶に新しいと思いますので界隈的にはNGということでしょう。
HOMEの改造個体についてですが回ってくる可能性はあります。少し調べれば色違いのブロックがかかっているポケモンをホームに入れている動画や画像なども出てくると思います。あからさまに数値がおかしいポケモンや技がおかしいポケモンは弾かれますが、残念ながら改造も流れてくるものと思っていた方がいいです。