私はよく - 体調不振で仕事を休むことがあります。休んだ次の日とか出勤す

相手側に立って考えてみたらわかるんじゃ無いですか？社交辞令兼心配をするとか、勿論考えてる事は人それぞれで答えは分からないですけどね

社交辞令です。
スルーしてください。

マネージャーの言う「無理はしなくていいから・・・」は業務上の社交辞令でしょうね。

どこまで本心か分からないので、難しく考える必要は無いと思います。

本心はマネージャー本人でないと分かりませんが、

・部下が休んだ翌日に一言かけるのは当たり前で、質問者さんが休んだことを気に病まないように優しい言葉をかけている

・仕事をよく休むのであれば、質問者さんに自覚がなくても無理してるのかもしれないと思って心配している

のかなと思います。

どうすれば良いかですが、健康な人はよく体調不良で仕事を休むことはありません。
睡眠時間・食事・仕事やプライベートでストレスはないかを見直してみると良いと思います。