ICOCAで電車に乗りたいのですが最初と最後の駅だけカードを通したら良い

ICOCAで電車に乗りたいのですが最初と最後の駅だけカードを通したら良いのですか？
途中降りて隣の列車に乗り換えする場合もカードを通すべきなのでしょうか？
乗り換えして乗る方が金額が安く済むのでそうしようと考えているのですが 乗り換えしない時(600円以上の差)の場合も最初と最後の駅が同じなので同じだけ金額を引かれるのではと思ってしまいます。

しかしわざわざ乗り換えの駅でカードを通して余分に引かれるのかなと考えたらどうしたらいいのか分かりません。

誰か分かる方教えてください（ ; ; ）